从牲畜口中抢一些粮食生产乙醇对生产商们来说并非难事，但是将乙醇产品从产地运往消费地却让他们伤透脑筋，传统的公路运输和铁路运输都不同程度地存在一些问题。环球能源网认为，随着乙醇产业增长速度越来越快，相关的基础设施建设也将加紧脚步。
　　有需求就会有供应，一些公司已经开始考虑建设乙醇运输管道，使乙醇从产地到消费地的运输更为简便。当然，也有业内人士对过早地建立输送管道表示质疑，他们认为乙醇产业还处于新兴阶段，市场定位和分布尚未明确，所建管道应采取的走向和规模也暂未明确。当然还有一个问题就是，专用管道可能让已经较高的乙醇燃料价格更加高昂。
　　目前大部分乙醇生产企业建立在玉米种植较为发达的地区，当玉米转化为乙醇后，再将其运输到全国各地。可再生能源协会主席Dinneen表示，专用的乙醇输送管道似乎并不必要，使用输送管道的安全性不一定比公路运输、海运、铁路运输更安全。
　　华盛顿石油管道协会已经开始对乙醇燃料的修建问题进行考察，研究的重点为是否能够利用现有石油管道运输掺有20%乙醇的混合燃料，运输的安全性是考虑的重点。仅仅是对乙醇管道建设的可行性研究就花费了大约80万美元，费用中10%由政府承担，大部分由企业分担。
　　当然，对于管道铺建公司来说，日益增长的乙醇产量让他们觉得大范围建设乙醇输送管道有利可图，今年美国的乙醇产量约为68亿加仑，而明年可能达到90亿加仑。另外，随着政府呼吁使用可再生能源比例的提升，对可再生能源的基础设施建设也会随之跟进。巴西利用管道运输乙醇颇为成功，运输的便捷在一定程度上能够刺激产业发展。如果通过管道运输混合乙醇得以实现，乙醇的运输成本将大为下降。卸货设施、储存罐等设施可以免除。
　　输送问题一直是影响乙醇企业扩张的大问题，现有管道不宜用作乙醇燃料运输的原因是乙醇的腐蚀性较强，并且在管道运输中容易吸收水分而影响纯度。