对此，业内专家分析，这一方案的实施有可能对化肥生产、农业生产和农民收入带来以下影响：一是导致化肥生产成本增加，部分企业因无力承受增加的成本，而影响市场供应能力；二是在市场经济条件下，受国际市场和原料市场等因素影响，化肥供应和价格有可能出现难以控制的波动；三是导致农民生产支出增加，进而影响粮食产量，降低农民收入。

    专家认为，我国化肥产业虽然正在逐步走向以市场调控为主、政策调控为辅的道路，但仍应保留一定的扶持政策。原料优惠，目前以天然气优惠和中小化肥企业电价优惠占主导，煤炭优惠基本不存在；运输优惠，目前仅化肥成品享受优惠，原料基本没有优惠；税收优惠，氮肥免收增值税，复合肥生产中按规定使用免税原料占 70%以上时产品免税，但实际上复合肥生产很少能享受到这一政策；配额内进口化肥实行增值税先征后返、淡季储备贴息，相当于每吨化肥有50元的利息补贴。由此可以看出，化肥产业优惠政策虽涉及面很宽，但每项政策落实在不同化肥产品及生产企业中却存在很大差异。总体看来，我国化肥产业优惠政策虽然随着市场经济的发展在逐步减少，但仍达到400亿元左右，影响程度大小依次为增值税、电价、铁路运价和计划内天然气价格。虽然政策改革对化肥产业的影响可通过技术进步、产业结构调整来适应，但化肥成本和出厂价上涨是必然的。化肥市场价格的上涨势必给下游消费者即广大农民带来影响，农民会选择少买化肥甚至干脆选择放弃种粮，这将会严重威胁到国家粮食安全。

    化肥生产优惠政策的调整，对产业的影响是复杂的，随着调整力度加大，市场价格必然上涨，产业结构和产品结构都会发生很大变化。为此，专家建议：化肥产业走市场化改革是大势所趋，但一定要有3～5年时间的过渡期，给化肥企业、农资市场建设一个逐步适应和调整的过程，这一过程是十分必要的。